Universitas Istropolitana to najstarszy uniwersytet, założony na ziemiach Słowacji. Powstał w XV wieku, trochę przy okazji, ponieważ miała powstać jedna z kilku wyższych szkół – wówczas na Węgrzech. Zajęcia były tu prowadzone w latach 1469 – 1488, a ostatecznie go zamknięto w 1491 roku kiedy to zmarł główny fundator i sponsor jego działalności. Obecnie budynki Uniwersytetu wpisane są na listę dziedzictwa narodowego Słowacji, mieści się tu także Wydział Teatralny uczelni artystycznej – Wyższej Szkoły Sztuk Scenicznych. Inną niezmiernie ważną uczelnią w Bratysławie jest Uniwersytet Komeńskiego, założony w 1919 roku, który łączy w sobie naukę na wydziale lekarskim, teologicznych i kilkunastu innych, bardziej klasycznych wydziałach. Wydziały teologii – rzymskokatolickiej i ewangelickiej – do 1990 roku funkcjonowały jako oddzielne akademie. Na terenie miasta działa jeszcze kilka uczelni, wśród których warto wymienić Akademię Korpusu Policyjnego, Słowacki Uniwersytet Medyczny czy z grona szkół publicznych Słowacki Uniwersytet Techniczny. Uniwersytet Medyczny powstał w latach 50. jako akademia medyczna, a jako uniwersytet funkcjonuje od 2002 roku. Z kolei Uniwersytet Techniczny jest najstarszą uczelnią techniczną na Słowacji, założoną przed II wojną światową w Koszycach, a potem przeniesioną do Bratysławy.